大同二年、快空法印の開基。慶宮寺寺宝に弘法大師筆「般若十六善神」「両界曼荼羅」がある。境内には八祖堂があり、ここには大変特徴のある回転経蔵式二階建八角厨子がある。それぞれの面に真言宗八祖の像を祀っている。

　この八角堂を二層形式の 鞘（サヤ）堂で囲み、回転輪蔵式に仏堂そのものが、わずかな力で廻るようになっており、厨子が回転することにより、参拝者が動かなくてもその場で全ての仏様を拝むことができる。八祖とは空海が師と仰いだ龍猛、龍智、金剛智、善無畏、一行、不空、恵果の七人に、空海すなわち祖師弘法大師を加えた高僧を言う。本堂内には、福禄寿(南佐渡七福神）が奉安してある。

　慶宮寺は、順徳上皇の皇女慶子女王に何らかの関りがあるとされている。慶子女王　承久の変（1221年）で佐渡配流となった順徳上皇の第四皇女（佐渡出生の第一皇女） 誕生・住居・葬儀ともこの寺（当時の寺名は不明）であり、慶手宮から慶宮寺と称したという。一宮神社は、慶子女王〔島照姫大明神〕を祀り、国分寺・慶宮寺の二大寺が別当となっている。